ΕΚΠΑ: Κυρίαρχη η Όμικρον με μεγάλη πολυμορφία

Nέα μο­ρια­κή με­θο­δο­λο­γία ευαί­σθη­της ανί­χνευ­σης και πο­σο­τι­κού προσ­διο­ρι­σμού των με­ταλ­λαγ­μέ­νων στε­λε­χών/πα­ραλ­λα­γών του SARS-CoV-2 σε δείγ­μα­τα λυ­μά­των με χρήση μιας σει­ράς μο­ρια­κών με­θό­δων και αλ­λη­λού­χη­ση επό­με­νης γε­νιάς (Next Generation Sequencing/NGS) έχει ανα­πτυ­χθεί στο ΕΚΠΑ.

Πρό­κει­ται για το απο­τέ­λε­σμα της συ­νερ­γα­σί­ας Ερευ­νη­τι­κών Μο­νά­δων των Τμη­μά­των Βιο­λο­γί­ας, Ια­τρι­κής και Χη­μεί­ας, στο πλαί­σιο έρευ­νας με επι­στη­μο­νι­κό υπεύ­θυ­νο τον Κα­θη­γη­τή Αν­δρέα Σκο­ρί­λα και διε­πι­στη­μο­νι­κή ομάδα του ΕΚΠΑ που απο­τε­λεί­ται από τους Νι­κό­λαο Θω­μα­ΐ­δη, Μαρ­γα­ρί­τη Αυ­γέ­ρη, Αθηνά Μάρ­κου, Εύη Λια­νί­δου, Δη­μή­τριο Γουρ­γιώ­τη, Θε­ο­δώ­ρα Ψαλ­το­πού­λου, Πα­να­γιώ­τη Αδα­μό­που­λο, Μάριο Δια­μα­ντό­που­λο, Λά­μπρο Δη­μη­τρα­κό­που­λο, Κα­τε­ρί­να Γα­λά­νη, Μάριο Κω­στά­κη, Κα­τε­ρί­να Κο­ντού, Βα­σί­λη Καπέ, Νι­κό­λαο Βούλ­γα­ρη και Θάνο Δη­μό­που­λο (Πρύ­τα­νης ΕΚΠΑ).

Η συ­γκε­κρι­μέ­νη υπε­ρευαί­σθη­τη με­θο­δο­λο­γία είναι ιδιαί­τε­ρα ση­μα­ντι­κή διότι δεί­χνει την πα­ρου­σία και την εκα­το­στιαία ανα­λο­γία των με­ταλ­λαγ­μέ­νων στε­λε­χών στο σύ­νο­λο του πλη­θυ­σμού μιας πόλης. Επι­πλέ­ον, ανι­χνεύ­ει έγκαι­ρα, ακόμη και από 50ml λύ­μα­τος ή οποιου­δή­πο­τε πε­ρι­βαλ­λο­ντι­κού δείγ­μα­τος, νέες με­ταλ­λά­ξεις και στε­λέ­χη/πα­ραλ­λα­γές που μόλις άρ­χι­σαν να ει­σέρ­χο­νται στον πλη­θυ­σμό. Με τον τρόπο αυτό γί­νε­ται με με­γα­λύ­τε­ρη ευ­κο­λία και αξιο­πι­στία η γο­νι­διω­μα­τι­κή επι­τή­ρη­ση των νέων στε­λε­χών/πα­ραλ­λα­γών του SARS-CoV-2, καθώς και άλλων ιών ή βα­κτη­ρί­ων, δί­νο­ντας την ανα­γκαία πλη­ρο­φό­ρη­ση για την επι­δη­μιο­λο­γι­κή επι­τή­ρη­ση καθώς και τον ανα­σχε­δια­σμό των νέων εμ­βο­λί­ων και  φαρ­μα­κευ­τι­κών πρω­το­κόλ­λων. Το σχε­τι­κό άρθρο δη­μο­σιεύ­τη­κε στο έγκρι­το διε­θνές επι­στη­μο­νι­κό πε­ριο­δι­κό “International Journal of Molecular Sciences”, ενώ έχει κα­τα­τε­θεί από το ΕΚΠΑ αί­τη­ση για χο­ρή­γη­ση Εθνι­κού και Διε­θνών Δι­πλω­μά­των Ευ­ρε­σι­τε­χνί­ας.

Η με­θο­δο­λο­γία πλη­ροί τις προ­ϋ­πο­θέ­σεις τής από 15-3-2021 σχε­τι­κής σύ­στα­σης της Ευ­ρω­παϊ­κής Επι­τρο­πής για την κοινή προ­σέγ­γι­ση κατά τη δη­μιουρ­γία συ­στη­μα­τι­κής επι­τή­ρη­σης του SARS-CoV-2 και των πα­ραλ­λα­γών του στα λύ­μα­τα. Επι­προ­σθέ­τως, ανι­χνεύ­ει εγκαί­ρως νέα στε­λέ­χη/πα­ραλ­λα­γές που αρ­χί­ζουν να ει­σέρ­χο­νται στην κοι­νό­τη­τα.

Με την εφαρ­μο­γή της νέας με­θο­δο­λο­γί­ας έχει ολο­κλη­ρω­θεί η ανά­λυ­ση με­ταλ­λαγ­μέ­νων στε­λε­χών του SARS-CoV-2 σε δείγ­μα­τα λυ­μά­των της Πε­ρι­φε­ρεια­κής Ενό­τη­τας Ατ­τι­κής, που συλ­λέ­χθη­καν σε κα­θη­με­ρι­νή βάση κατά το διά­στη­μα 27-12/2021 έως 1-1-2022 από το Κέ­ντρο Επε­ξερ­γα­σί­ας Λυ­μά­των της Ψυτ­τά­λειας (ΚΕΛΨ). Τα συ­γκε­κρι­μέ­να δείγ­μα­τα υπε­βλή­θη­σαν σε έλεγ­χο ει­δι­κών με­ταλ­λά­ξε­ων – γε­νε­τι­κών δει­κτών (genetic markers) ολό­κλη­ρου του γο­νι­δί­ου S (Spike) (>100 γε­νε­τι­κοί δεί­κτες) για τις πα­ραλ­λα­γές ει­δι­κού εν­δια­φέ­ρο­ντος (Variants οf Concern – VOC) και τις πα­ραλ­λα­γές υπό διε­ρεύ­νη­ση (Variants οf Interest – VOI).

Τα απο­τε­λέ­σμα­τα της ανά­λυ­σης ανέ­δει­ξαν την επι­κρά­τη­ση, σε πο­σο­στό 87% με ση­μα­ντι­κή πο­λυ­μορ­φία, της πα­ραλ­λα­γής Omicron (B.1.1.529 lineage) και την ταυ­τό­χρο­νη ση­μα­ντι­κή μεί­ω­ση των αντί­στοι­χων γε­νε­τι­κών δει­κτών του στε­λέ­χους Delta (B.1.617.2 lineage).

Πιο συ­γκε­κρι­μέ­να, δια­πι­στώ­θη­κε η πα­ρου­σία ει­δι­κών με­ταλ­λά­ξε­ων (genetic markers) του γο­νι­δί­ου S (Spike) της πα­ραλ­λα­γής Omicron (B.1.1.529 lineage):

– στο τμήμα “receptor-binding domain/RBD” σε πο­σο­στό 87% (γε­νε­τι­κοί δεί­κτες: G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S)

– στο τμήμα “receptor-binding motif/RBM” σε πο­σο­στό 29% (γε­νε­τι­κοί δεί­κτες: S477N, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H)

– εκτός των RBD/RBM τμη­μά­των  σε πο­σο­στό 45% (γε­νε­τι­κοί δεί­κτες: T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F)

Ταυ­τό­χρο­να δια­πι­στώ­θη­κε, για πρώτη φορά, η πα­ρου­σία δύο στε­λε­χών της πα­ραλ­λα­γής Omicron, τα οποία φέ­ρουν (συγ­χαρ­το­γρα­φού­νται) επι­πλέ­ον με­ταλ­λά­ξεις, και συ­γκε­κρι­μέ­να:

– η με­τάλ­λα­ξη R346K (B.1.1.529+R346K), σε πο­σο­στό 27%, η οποία έχει ανα­φερ­θεί στην πα­ραλ­λα­γή Mu (B1.621)

– η με­τάλ­λα­ξη A701V (B.1.1.529+A701V), σε πο­σο­στό 5%, η οποία έχει ανα­φερ­θεί στην πα­ραλ­λα­γή Beta (B1.351)

Με βάση τα ανώ­τε­ρα απο­τε­λέ­σμα­τα δια­πι­στώ­νε­ται η επι­κρά­τη­ση της πα­ραλ­λα­γής Όμι­κρον στην Ατ­τι­κή (σε πο­σο­στό 87% από <40% πριν από 2 εβδο­μά­δες) καθώς και η αντί­στοι­χη μεί­ω­ση της πα­ραλ­λα­γής Δέλτα.

Ταυ­τό­χρο­να, η αλ­λη­λού­χη­ση του γο­νι­διώ­μα­τος του ιού ανα­δει­κνύ­ει ση­μα­ντι­κή με­τα­βλη­τό­τη­τα της πο­σο­στιαί­ας ανα­λο­γί­ας ει­δι­κών με­ταλ­λά­ξε­ων του γο­νι­δί­ου S, που κω­δι­κο­ποιεί την πρω­τε­ΐ­νη Spike, υπο­γραμ­μί­ζο­ντας τη δια­φο­ρε­τι­κή ση­μα­σία και βα­ρύ­τη­τα αυτών στη συ­μπε­ρι­φο­ρά του ιού, καθώς και στον αξιό­πι­στο και ει­δι­κό προσ­διο­ρι­σμό του.

Η ανά­λυ­ση των δε­δο­μέ­νων της αλ­λη­λού­χη­σης επό­με­νης γε­νιάς με την πα­ρα­πά­νω μέ­θο­δο δεί­χνει επι­πλέ­ον ότι εκτός της με­τα­βλη­τό­τη­τας υπάρ­χουν και αρ­κε­τοί συν­δυα­σμοί των δια­φο­ρε­τι­κών με­ταλ­λά­ξε­ων του ιού, που πι­θα­νόν να επι­κρα­τούν κάθε φορά με δια­φο­ρε­τι­κή κλι­νι­κή συ­μπε­ρι­φο­ρά, γε­γο­νός που απαι­τεί επα­γρύ­πνη­ση και πιστή εφαρ­μο­γή των μέ­τρων προ­στα­σί­ας.